Virtsa voi värjäytyä punertavan ruskeaksi, mikä sinänsä on vaaratonta. Muita yleisimpiä haittavaikutuksia ovat pahoinvointi, oksentelu ja vatsakivut. Myös nivelten kipuja on ilmennyt. Vakavin haittavaikutus on valkoisten verisolujen määrän väheneminen, jota on esiintynyt noin kahdella sadasta Ferriproxia ottaneesta henkilöstä. Valkosolujen määrän väheneminen voi aiheuttaa vakavan ja mahdollisesti hengenvaarallisen infektion. Jos hoidon aikana ilmaantuu kuumetta, kurkkukipua tai flunssan kaltaisia infektion oireita, on otettava yhteys lääkäriin. Verenkuvaa seurataan tiheästi otettavilla verikokeilla.