Lääkkeen yleisimmät haittavaikutukset ovat erilaiset tulehdukset ja kivut, heikentynyt ruokahalu, unettomuus, vapina, päänsärky, matala verenpaine, yskä, mahavaivat, ihottuma, kuume, turvotus, vilunväristykset, väsymys ja infuusioreaktiot. Joskus voi esiintyä myös yliherkkyysreaktioita, sekavuutta, muistin heikkenemistä, huimausta, kouristuksia, puhe- ja tuntohäiriöitä tai sydämen sykkeen nopeutumista.
Blinatumomabi heikentää ajokykyä, joten autolla ajoa on vältettävä.
Joitakin rokotteita ei saa antaa hoidon aloittamista edeltävien kahden viikon aikana, hoidon aikana eikä hoitoa seuraavien kuukausien aikana.
