Lääkkeen yleisimmät haittavaikutukset ovat mahavaivat, verenvuodot, mielialan lasku, uneliaisuus, pyörrytys, päänsärky, tinnitys eli korvan soiminen, turvotus, ihottuma, kutina, ihon ja limakalvon turvotus. Iäkkäät henkilöt ovat alttiimpia haittavaikutuksille.

Lääkäriin on otettava yhteyttä, jos ilmenee tulehdukseen viittaavia oireita tai ne pahenevat lääkkeen käytön aikana. Lääkkeen käyttö on lopetettava heti ja käännyttävä lääkärin puoleen, jos ilmaantuu kuumetta, kurkkukipua, suun pinnan haavaumia, flunssan kaltaisia oireita, voimakasta väsymystä, selittämätöntä verenvuotoa ja mustelmia. Nämä voivat olla oireita hyvin harvinaisesta verisolujen syntyyn liittyvästä häiriöstä. Lääkärille on kerrottava myös, jos esiintyy silmäoireita, painonnousua tai turvotusta.

Yliherkkyysreaktiot, joihin liittyy ihottumaa ja kutinaa, sekä astmakohtaukset ovat harvinaisia haittavaikutuksia, mutta niiden esiintyessä on lopetettava ibuprofeenin käyttö ja otettava yhteys lääkäriin. Vaikean yliherkkyysreaktion oireita ovat kasvojen turvotus, kielen turpoaminen, kurkunpään sisäpuolen turvotus, hengitysteiden ahtautuminen, hengitysvaikeudet, sydämentykytys, ja verenpaineen lasku. Lääkäriin on lähdettävä välittömästi, jos jokin vaikean yliherkkyysreaktion oireista ilmaantuu tai jos ilmaantuu voimakasta ylävatsakipua, veriripulia tai verioksennuksia.

Lääkkeellä voi olla yhteisvaikutuksia muiden lääkkeiden kanssa, joten kaikista muista lääkityksistä ja luontaistuotteista tulee neuvotella lääkärin tai apteekkihenkilökunnan kanssa. Muita tulehduskipulääkkeitä ei pidä käyttää samanaikaisesti. Yhteiskäyttö ei lisää lääkkeiden tehoa, mutta niiden haitat yleensä lisääntyvät. Vilustumislääkkeinä myytävät itsehoitovalmisteet sisältävät usein tulehduskipulääkkeitä.