Kuten muillakin epilepsialääkkeillä gabapentiinillä on haittavaikutuksia erityisesti hoidon alussa. Yleensä haitat vähenevät parissa viikossa hoidon jatkuessa. Yleisimmät haittavaikutukset ovat virusinfektiot, jäykkyys, haparointi, huimaus, uneliaisuus, väsymys ja kuume. Joskus voi esiintyä myös mm. erilaisia tulehduksia, ruokahalun muutoksia, painonnousua, puhehäiriöitä, lihastoiminnan liikavilkkautta, sekavuutta, tunnetilojen ja mielialan muutoksia, päänsärkyä, refleksien muutoksia, kouristuksia, unettomutta, tuntoasitin häiriöitä, näköhäiriöitä, verenpaineen kohoamista, verisuonien laajentumista, keuhko-oireita, vatsaoireita, iho-oireita, muistihäiriöitä, impontessia, virtsan pidätysongelmia, lihas- ja nivelkipuja, turvotuksia tai tapaturmia.
Tarkkaavaisuus liikenteessä voi heikentyä.