Lääkkeen yleisimmät haittavaikutukset ovat pahoinvointi ja muutokset seksuaalisessa halussa tai toimintakyvyssä, kuten orgasmin puute ja miehillä poikkeava erektio ja siemensyöksy.
Joskus voi esiintyä päänsärky, ruokahalun vähenemistä, ummetusta tai ripulia, huimausta, vapinaa, näköhäiriöitä, hikoilua, väsymystä, suun kuivumista ja unihäiriöitä. Haittavaikutukset riippuvat lääkkeen annoksesta ja häviävät usein hoidon jatkuessa.
Lääkehoidon alkuvaiheessa masennukseen liittyvät itsetuhoiset ajatukset voivat lisääntyä. Tästä on hyvä kertoa jollekin sukulaiselle tai ystävälle, jotta tämä voi huomioida, jos lääkkeenkäyttäjän masennus tai ahdistuneisuus tuntuu pahenevan.
Paroksetiinilla on yhteisvaikutuksia monien lääkkeiden kanssa. Muiden samanaikaisten lääkkeiden käytöstä kannattaa keskustella lääkärin tai apteekkihenkilökunnan kanssa. Paroksetiinia ei saa käyttää samaan aikaan moklobemidi-masennuslääkkeen, selegiliini-parkinsonismilääkkeen eikä pimotsidi-psykoosilääkkeen kanssa. Lääkettä ei saa käyttää mäkikuismaa (Hypericum perforatum) sisältävien, masentuneisuuteen käytettävien luontaistuotteiden kanssa.
Alkoholin käyttöä ei suositella lääkkeen käytön aikana.
Paroksetiinin kaltaiset psyykenlääkkeet voivat vaikuttaa ajokykyyn ja koneiden käyttökykyyn, mutta vaikutukset vaihtelevat eri ihmisillä.
