Tärkeä osa Yliopiston Apteekin toimintaa on lääkkeiden valmistus. Lääkkeet valmistetaan nykyaikaisissa lääkevalmistustiloissa ja työskentelyssä noudatetaan hyviä tuotantotapoja (Good Manufacturing Practise) eli samoja ohjeita, jotka ovat teollisenkin lääkevalmistuksen toiminnan perusta.
Perinteisillä apteekissa valmistetuilla lääkkeillä on edelleen uskollinen käyttäjäkuntansa. Näitä valmisteita ovat mm. apteekin omat yskänlääkkeet, päänsärkypulverit ja kalkki- ja vitamiinivalmisteet. Viime vuosina lääkärin reseptin mukaan tehtävä yksittäislääkkeiden valmistus (ex tempore -valmistus) on lisääntynyt merkittävästi. Ex tempore- valmistuksessa vaaditaan erityistä ammattitaitoa, sillä yksilöllisesti valmistettavat lääkkeet vaativat usein etukäteisselvityksiä mm. valmisteisiin määrättyjen lääkeaineiden yhteensopivuudesta, sopivista apuaineista ja valmistusmenetelmään liittyvistä seikoista. Eniten valmistetaan ihotautilääkäreiden määräämiä voidesekoituksia ja erilaisia yksilöllisen annoksen sisältäviä kapseleita ja annoksiin jaettuja jauheita.
Yliopiston Apteekki on merkittävä sopimusvalmistusapteekki eli apteekissa valmistetaan muille apteekeille lääkevalmisteissa käytettäviä aineseoksia ja valmiita lääkkeitä. Yliopiston Apteekissa valmistetaan myös lääkkeitä pienempien sairaaloiden ja terveyskeskusten yhteydessä olevien lääkekeskusten tarpeita varten. Yliopiston Apteekin valmistustoiminta tukeekin merkittävästi koko maan lääkehuoltoa.
Käytettyjen raaka-aineiden ja valmistettujen tuotteiden laatu tutkitaan Yliopiston Apteekin analyyttisessa laboratoriossa, missä tutkimukset tehdään nykyaikaisin analyysimenetelmin. Raaka-aineille, valmisteille ja pakkausmateriaaleille laaditut hyväksymiskriteerit varmistavat, että asiakkaille toimitettavat valmisteet ovat laadullisesti hyviä ja lääkkeille asetetut vaatimukset täyttäviä. Analyyttisen laboratorion palveluja myydään myös Yliopiston Apteekin ulkopuolelle.