Yliopiston Apteekilla on oma koulutus-järjestelmä YA-Akatemia, jonka avulla kehitetään henkilökunnan ammatillista osaamista ja asiakaspalvelutaitoja. YA-Akatemian tavoitteena on tarjota henkilökunnalle alan tuoreim-mat tiedot ja taidot, jotka edesauttavat asiakaspalvelun toteutumista Yliopiston Apteekin arvojen ja strategian mukaisesti.
Keskitetyn koulutusjärjestelmän avulla on toteutettu ajan vaatimuksia vastaava ja alansa huippuasiantuntijoita käyttävä koulutusohjelma. Koulutuksissa työskennellään interaktiivisesti moderneja aikuiskoulutuksen metodeja kuten verkko-oppimista käyttäen.
YA-Akatemia tarjoaa koulutusta Yliopiston Apteekin kaikille ammattiryhmille. Farmaseuteille tarjotaan mahdollisuutta kehittyä tietyn aihealueen, esimerkiksi diabeteksen, erityisasiantuntijaksi. Tekniselle henkilökunnalle tarjotaan koulutusta muun muassa logistiikasta ja myymälämarkkinoinnista. Lisäksi esimiehille tarjotaan johtamiskoulutusta työnsä tueksi.