Viitehintajärjestelmässä lääkkeet luokitellaan ryhmiin, joihin kuuluvat aina yhtä paljon samaa lääkeainetta sisältävät, toisiaan vastaavat lääkkeet. Lääkkeen korvaus maksetaan tälle ryhmälle määritellyn viitehinnan perusteella. Alle 40 euroa maksavissa lääkkeissä viitehinnaksi määritellään ryhmän halvimman lääkkeen hinta + 1,50 euroa ja yli 40 euron lääkkeissä viitehinta on ryhmän halvimman lääkkeen hinta + 2 euroa.
Jos asiakas ostaa itselleen lääkkeen, jonka hinta on korkeintaan tälle lääkeryhmälle määritelty viitehinta, hän saa normaalin Kela-korvauksen lääkkeestään. Mikäli asiakas haluaa kuitenkin käyttöönsä tästä ryhmästä jonkin kalliimman valmisteen, Kela-korvaus maksetaan viitehinnasta ja asiakas maksaa itse tämän yli menevän kustannuksen.
Lääkkeen kustannukset jaetaan Kela-korvattavaan osuuteen, omavastuuosuuteen (viitehinnasta asiakkaan maksettavaksi jäävä osuus) ja ei-korvattavaan osuuteen. Asiakas maksaa omavastuun ja mahdollisen ei-korvattavan osuuden. Vuosittaisessa lääkekustannusten omavastuun katossa huomioidaan ainoastaan lääkkeen viitehinnasta muodostunut omavastuuosuus, vaikka käytössä olisi kalliimpi lääke.
Jos kalliimman lääkkeen käyttö on lääketieteellisistä syistä perusteltua, lääkäri voi kieltää lääkkeen vaihdon edullisempaan valmisteeseen. Tällöin korvaus maksetaan lääkkeen todellisen hinnan perusteella. Asiakas ei kuitenkaan itse voi enää apteekissa kieltää lääkkeen vaihtoa edullisempaan valmisteeseen ilman, että maksaa lääkkeestään enemmän.